Zespół mikroorganizmów, przede wszystkim bakterii i grzybów zasiedlający jelita (głównie jelito grube). Mikroorganizmy jelitowe dzielimy na korzystne i niekorzystne dla człowieka. Przy dominacji niekorzystnej mikroflory mówimy o tzw. dysbiozie, która może sprzyjać między innymi zaburzeniom w pracy układu pokarmowego (np. wzdęcia, zaparcia, biegunki) i odpornościowego, rozwojowi chorób tzw. cywilizacyjnych (np. miażdżyca, cukrzyca). Coraz częściej w literaturze medycznej podkreśla się także możliwy związek między mikroflorą jelitową a masą ciała (dysbioza może sprzyjać otyłości). Destrukcyjne działanie w stosunku do korzystnej mikroflory jelitowej mają: antybiotykoterapia, silny stres, nadmiar leków przeciwbólowych i alkoholu, czy agresywne leczenie. Zaburzenia w składzie mikroflory jelitowej można regulować podając doustnie preparaty z probiotykami.